對于潔凈室的污染源主要指微塵和細菌二大類
     外部污染源
    大氣塵的濃度
大氣塵是潔凈室要直接處理的對象，在潔凈技術中，最常用的是以≥0.5μm的微粒數量為準的計數濃度，以最干凈的同溫層（距地表10km）來說，這樣的微粒約有20粒/L，很干凈的海面上空約有2600粒/L。陸地上計數濃度差別比較大，同一地區不同時間差別也很大，我國大氣計數濃度可粗分為“工業城市”、“城市郊外”、“非工業區或農村”，其≥0.5μm的微粒濃度分別為1×106粒/L，2×105粒/L和3×105粒/L。
    大氣菌的濃度
大氣塵的污染屬于無生命微粒的污染，而大氣菌的污染屬于有生命微粒的污染。微生物包括：病毒、立克次體、細菌、菌類、原生蟲類。云南凈化工程廠家表示，但和潔凈室有關的主要是細菌和菌類。但是細菌不能單獨生存，一般都附著在塵粒上面，所以有意義的大小是其等價直徑，一群帶菌微粒通過過濾器時，細菌的過濾效率和某粒徑的微粒的效率一樣，則這一粒徑就是這群帶菌微粒的等價直徑。
    內部污染
    發塵量
潔凈室內的發塵量，來自設備的可考慮通過局部排風排除，不流入潔凈室內；產品、材料等在搬運過程中的發塵量與人體發塵量相比，一般較小，可忽略。由于目前潔凈室內裝飾采用較好的金屬壁板，來自建筑物表面發塵量也很少，一般占10%以下，發塵主要來自人，占90%左右。
    發菌量
（1）潔凈室內當工作人員穿無菌服時：
靜止時的發菌量一般為：10～300個/min．
一般活動時的發菌量一般為：150～1000個/min．
快步行走時的發菌量一般為：900～2500個/min．
（2）咳嗽一次一般為：70～700個/min．
噴嚏一次一般為：4000～60000個/min．
（3）穿平常衣服時發菌量：3300～62000個/min．
（4）無口罩發菌量：有口罩發菌量為1：7～1：14
（5）發菌量：發塵量為1：500～1：1000
（6）手術中人員的發菌量：878個/min．
    所以可知潔凈室內穿無菌衣人員靜態發菌量一般超過300個/min．動態發菌量一般不超過1000個/min
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